Фізична особа-підприємець має право вибору системи свого оподаткування. Відповідно до Закону України “Про податок з доходів фізичних осіб” від 22.05.2003 889-IV, фізична особа-підприємець може обрати систему оподаткування, загальну для всіх фізичних осіб. Така система оподаткування полягає у сплаті податку з доходів фізичних осіб, ставка якого на даний момент становить 13% від доходів, одержаних у процесі підприємницької діяльності. З 01.01.2007 ставка податку з доходів фізичних осіб становитиме 15% (пункт 7.1 статті 7 та пункт 22.3 статті 22 Закону України “Про податок з доходів фізичних осіб”).

Сплата податку з доходів фізичних осіб є доброю системою оподаткування (якщо такий вислів можна взагалі вжити щодо поняття “податок”). По-перше, 13% (і навіть 15%) - це досить невелика ставка податку, особливо якщо порівнювати з прибутковим податком з громадян (що діяв до 01.01.2004), ставки якого перевищували 40% від суми доходів. По-друге, податок з доходів фізичних осіб, на відміну від єдиного податку, сплачується тільки з реально отриманих доходів. Тобто якщо немає доходів за певний період часу (наприклад, на початку здійснення підприємницької діяльності), то й податок з доходів фізичних осіб не сплачується.

Для сплати податку з доходів фізичних осіб не потрібно подавати будь-яких додаткових заяв до податкових органів. Отримання доходу від здійснення підприємницької діяльності є підставою для сплати податку з доходів фізичних осіб за умови, що фізична особа-підприємець не обрала для себе спрощену систему оподаткування, обліку та звітності (єдиний податок).